南方医科大学社团联合会是由学生进行自我管理各学生社团的联合组织，在校党委和校团委的直接指导下开展工作，以“服务与管理并举，服务社团为主，引导、协调、监督社团为辅”为宗旨，以实现各社团的“自我教育、自我管理、自我服务”为目的，其任务在于团结和引导全校各学生社团，开展各类有益于学生的活动，丰富校园文化，加强社团自我管理、自我完善，引导社团健康规范发展，其下设办公室、组织部、宣传部、外联部、财务部、评议部、艺术团经纪部、项目拓展部八个部门开展工作。